Projekta Nr. | 1.1.1.1/19/A/019 |
|---|---|
Projekta zinātniskais vadītājs | Prof. Aigars Jirgensons |
Projekta īstenošanas laiks | 01.10.2020. – 30.09.2023. |
Projekta īstenošanas vieta | Latvijas Organiskās sintēzes institūts, Aizkraukles iela 21, Rīga |
Projekta kopējās attiecināmās izmaksas | 648 646,00 EUR (ERAF finansējums – 374 917,38 EUR) |
Projekta mērķis ir izveidot treonil-tRNS (ThrRS) inhibitorus kā līdersavienojumus pretmalārijas zāļvielu atklāšanai. Šī projekta ietvaros ir paredzēts izveidot sintētiskos ThrRS inhbitorus, kas ir borelidīna mimētiķi un uzrāda augstu selektivitāti attiecība pret cilvēka ThrRS.
Inhbitoru izveidi paredzēts realizēt, izmantojot mūsdienīgas zāļvielu atklāšanas pieejas tādas kā fragmentu metodi, virtuālo augstas caurlaidības skrīningu kā arī zāļvielu dizainu balstoties uz strukturālo informāciju. Līdersavienojuma atklāšanas procesā iegūtos inhbitorus paredzēts tālāk optimizēt, lai sasniegtu malārijas parazīta augšanas inhibīciju šūnu testos, selektivitāti attiecība pret cilvēka ThrRS un zāļvielām nepieciešamās ADME īpašības.
Projektā sadarbosies organiskās ķīmijas, molekulārās modelēšanas, biofizikālās ķīmijas, stukturālās bioloģijas un farmakoloģijas speciālisti. Rezultātā paredzēts iegūt patentējamu līdersavienojumu sēriju, kas izmantojama zāļvielu izveidei, lai ārstētu strauji pieaugošo rezistento malāriju.
Publicēts 31.08.2020.
Paveiktais laika periodā no 01.10.2020. līdz 31.12.2020.
- Uzsākta PfThrRS enzīma ekspresijas metodes izveide.
- Izveidots Pf ThrRS enzīma datormodelis. Daļēji realizēts virtuālais skrīnings, izmantojot komerciāli pieejamo savienojumu un dabasvielu datu bāzes.
- Veikta komerciāli nepieejamo virtuālā skrīninga trāpījumu sintēzes analīze.
Paveiktais laika periodā no 01.01.2021. līdz 31.03.2021.
- Izveidota PfThrRS enzīma ekspresijas metode. Iegūts enzimātiski aktīvs proteīns. Uzsākta cilvēka ThrRS enzīma ekspresijas metodes izveide.
- Realizēts virtuālais skrīninga 1. raunds pret PfThrRS enzīmu, izmantojot komerciāli pieejamo savienojumu un dabasvielu datu bāzes.
- Uzsākta refrences inhbitora sintēze.
- Izveidota PfThrRS enzimātiskās aktivitātes noteikšanas metode.
Paveiktais laika periodā no 01.04.2021. līdz 30.06.2021.
- Uzsākts fragmentu skrīnings pret PfThrRS enzīmu, izmantojot virsmas plazmona rezonanses metodi. Pirmie PfThrRS enzīma kokristalizācijas mēģinājumi ar borelidīnu.
- Uzsākts borelidīnam līdzīgo fragmentu dizains, izmantojot datormodelēšanu.
- Veikta virtuālā skrīninga validēto trāpījumu sintētiskā analīze.
- Veikts enzimātiskais skrīnings virtuālo trāpījumu aktivitātes noteikšanai un trāpījumu validēšana.
Paveiktais laika periodā no 01.07.2021. līdz 30.09.2021.
- Ekspresēts papildus enzīma PfThrRS daudzums bioloģiskajiem testiem un kristalizācijas eksperimentiem. Veikti mēģinājumi realizēt cilvēka ThrRS enzīma ekspresiju.
- Veikts borelidīnam līdzīgo fragmentu dizains, izmantojot datormodelēšanu.
- Pabeigta references inhibitora sintēze. Uzsākta trāpijuma #1 fokusētās savienojumu bibliotēkas sintēze struktūras aktivitātes likumsakarību iegūšanai.
- Veikts enzimātiskais skrīnings uz PfThrRS sintezēto savienojumu aktvitātes noteikšanai.
Paveiktais laika periodā no 01.10.2021. līdz 31.12.2021.
- Veikti PfThrRS enzīma kristalizācijas mēģinājumi. Par cik SPR metode fragmentu skrīningam izrādījās nepiemērota, uzsākts fragmentu skrīnings ar KMR metodi.
- Veikta trāpījuma #1 analīze, izmantojot datormodelēšanu. Uz trāpījuma #1 bāzes dizainēta fokusēta savienojumu bibliotēka.
- Veikta trāpijuma #1 fokusētās savienojumu bibliotēkas sintēze. Uzsākta vienkāršoto borelīdīna analogu sintēze.
- Veikts enzimātiskais skrīnings uz PfThrRS sintezēto savienojumu aktivitātes noteikšanai. Aktīvākajiem savienojumiem noteiktas IC50 vērtības.
Paveiktais laika periodā no 01.01.2022. līdz 31.03.2022.
- Veikti fragmentu skrīninga mēģinājumi ar KMR metodi. Enzīma stabilitāte izrādījās nepietiekama šo eksperimentu veikšanai. Veikta E.Coli ThrRS enzīma ekspresija, kuru paredzēts izmantot kā modeļproteīnu tālākajiem pētījumiem.
- Veikta virtuālā trāpījuma #2 analīze, izmantojot datormodelēšanu. Uz trāpījuma #2 bāzes dizainēta fokusēta savienojumu bibliotēka.
- Uzsākta aminoaciladenilāta starpproduktu analogu sintēze. Turpināta vienkāršoto borelidīna analogu sintēze.
- Veikts enzimātiskais skrīnings uz PfThrRS sintezēto savienojumu aktivitātes noteikšanai. Aktīvākajiem savienojumiem noteiktas IC50 vērtības
Paveiktais laika periodā no 01.04.2022. līdz 30.06.2022.
- Veikti E.Coli ThrRS enzīma kristalizācijas mēģinājumi kopā ar virtuālā skrininga trāpījumiem un GL-3594. Iegūti pirmie kristāli, kuriem paredzēts veikt rengenstruktūranalīzi sinhrotronā. Veikts fragmentu skrīnings ar MST metodi, izmantojot E.Coli ThrRS. Iegūti pirmie fragmentu trāpījumi.
- Veikta trāpījuma #3 analīze, izmantojot dator modelēšanu. Uz trāpījuma #3 bāzes dizainēta fokusēta savienojumu bibliotēka.
- Turpināta aminoaciladenilāta starpproduktu analogu sintēze. Turpināta vienkāršoto borelidīna analogu sintēze.
- Veikts enzimātiskais skrīnings uz PfThrRS sintezēto savienojumu aktivitātes noteikšanai. Aktīvākajiem savienojumiem noteiktas IC50 vērtības.
Paveiktais laika periodā no 01.07.2022. līdz 30.09.2022.
- Veikti mēģinājumi salicilskābes atvasinājumu un adenosīna atvasinājuma kokristalizācijai ar E.Coli ThrRS enzīmu un EU-OS fragmentu bibliotēkas skrīnings uz E.Coli ThrRS enzīmu. Atrasti fragmentu trāpījumi.
- Veikts savienojumu dizains, kas balstīts uz virtuālajā skriningā atrastā salicilskābes atvasinājuma un proteīna kompleksa rentgenstruktūru.
- Turpināta aminoaciladenilāta starpproduktu analogu sintēze un vienkāršoto borelidīna analogu sintēze.
- Veikti enzimātiskais skrīninga mēģinājumi uz PfThrRS, kas iegūts pēc modificētas metodes.
- Sagatavots un Drug Discovery konferencē prezentēts stenda referāts par virtuālā skrīninga rezultātiem.
- Uzsākta manuskripta sagatavošana par adenosīna analogu bioloģisko aktivitāti un Patentspējas izpēte aktīvākajiem savienojumiem.
Publicēts: 07.10.2022.
Paveiktais laika periodā no 01.10.2022. līdz 31.12.2022.
- Iegūti salicilskābes atvasinājumu un adenosīna atvasinājuma kokristāli ar E.Coli ThrRS enzīmu.
- Veikti mēģinājumi iegūt kokristālus ar fragmenta skrīninga trāpījumiem.
- Darbs pie 2.kārtas vienkāršoto borelidīna atvasinājumu diazaina.
- Turpināta salicilskābes atvasinājumu sintēze virtuālā trāpījuma attīstīšanai.
- Veikts darbs pie sintēzes metodes izveides ciklopropānsulfonamīdu iegūšanai.
- Veikti mēģinājumi izveidot testa sistēmu savienojumu skrīningam uz cilvēka un bakteriālo ThrRS.
- Turpināta manuskripta sagatavošana par adenosīna analogu bioloģisko aktivitāti un uzsākta manuskripta sagatavošana par virtuālā skrīninga rezultātiem un trāpījumu optimizāciju.
Publicēts: 09.01.2023.
Paveiktais laika periodā no 01.01.2023. – 31.03.2023.
- Veikta analīze salicilskābes atvasinājumu kokristālam ar E.Coli ThrRS enzīmu un mēģinājumi iegūt kokristālus ar fragmenta skrīninga trāpījumiem.
- Darbs pie N-acilsulfonamīdu analogu dizains selektivitātes un aktivitātes noteicošo faktoru noskaidrošanas. Veikta N-acilsulfonamīdu analogu sintēze struktūras-aktivitātes likumsakarību noskaidrošanai, kas nepieciešama publikācijas un patenta sagatavošanai.
- Turpināta vienkāršoto borelidīna analogu sintēze.
- Veikts enzimātiskais skrīnings uz PfThrRS.
- Sagatavots manuskripts par adenozīna analogu bioloģisko aktivitāti.
- Patentspējas izpēte aktīvākajiem savienojumiem.
Publicēts: 06.04.2023.
Paveiktais laika periodā no 01.04.2023. – 30.06.2023.
- Publikācijai iekļaujamās informācijas vajadzībām veikti ITC afinitātes konstantes mērījumi adenosīna analoga saistībai ar E. Coli ThrRS.
- Veikta N-acilsulfonamīdu analogu sintēze struktūras-aktivitātes likumsakarību noskaidrošanai, kas nepieciešama publikācijas un patenta sagatavošanai.
- Turpināta vienkāršoto borelidīna analogu sintēze un veikts enzimātiskais skrīnings uz PfThrRS
- Veikti meģinājumi izveidot testa sistēmu savienojumu skrīningam uz cilvēka un bakteriālo ThrRS.
- Iesniegts manuskripts par adenozīna analogu bioloģisko aktivitāti. Veikti redaktora pieprasītie labojumi. Pieņemts publicēšanai Org. Biomol. Chem., 2023, DOI:10.1039/D3OB00670K
- Uzsākta manuskriptu sagatavošana par:
1) salicilskābes analogu identificēšanu un bioloģisko aktivitāti;
2) sulfamātu analogu sintēzi un bioloģisko aktivitāti.
- Patentējamās bāzes struktūras definēšana.
Publicēts: 06.07.2023.