Pārskata periodā veiktas šādas pētnieciskās darbības:
- iepriekš iegūtie ar DBA funkcionalizētie MBP dubult-cys un dubult-sec mutanti tika titrēti ar Gd(III) līdz tika sasniegta 1:1 DPA:Gd attiecība. Izmantojot Dubultās Elektronu-Elektronu Rezonanses (DEER) metodi ar W-joslas EPR spektrometru Gd-funkcionalizētajos proteīnos tika noteikts iekšmolekulārs Gd-Gd attālums. Eksperimentāli noteiktie attālumu sadalījumu maksimumi salīdzinoši labi atbilst teorētiski modelētajiem uz kristālu struktūras balstītiem Gd-Gd attālumiem (3.9 un 4.0 nm). Iegūtie rezultāti ir iesniegti publikācijai ChemBioChem;
- izmantojot iepriekš sintezēto difluorovalīnu-15N-13C, uzsākti proteīnu cell-free sintēzes eksperimenti. Kā modeļsistēma tika izvēlēta Peptidil-prolil cis-trans izomerāze B (PpiB) kas aminoskābju sekvencē satur 5 leicīnus;
- veikta 2 aminoskābju sintēze, kas sānu ķēdē satur stabilizētu aminoksil-radikāli. Turpmāk tiks uzsākti mēģinājumi iekļaut šīs aminoskābes proteīnu struktūrā, kas dos iespēju veikt precīzus DEER distances mērījumus bez nepieciešamības funkcionalizēt proteīnus ar paramagnētiskjiem lantanīdu reaģentiem;
- pabeigta cell-free sintēzes apstākļu optimizācija. Cell-free proteīnu sintēzē iegūts relatīvi augsts mērķproteīna PpiB iznākums, par ko liecina reakcijas maisījuma analīze ar SDS-PAGE gēlu elektroforēzi;
- veikta arī 2 aminoskābju sintēze, kas sānu ķēdē satur –Si(CH3)3 grupu. Turpmāk tiks veikti mēģinājumi iekļaut šīs aminoskābes proteīnu struktūrā. Relatīvi lēnas relaksācijas dēļ šī grupa dot intensīvu KMR signālu lielos proteīnos, kas izmantojams strukturālās bioķīmijas un medicīnas ķīmijas pētījumos;
- iegūtais difluoroleicīnu saturošais PpiB proteīns tika analizēts ar masspektrometriju. Apkopojot sākotnējos rezultātus, secināts, ka iegūts pietiekami homogēns proteīna paraugs ar augstu difluoroleicīna saturu. Paredzams, ka 19F, 15N un 13C iezīmes ļaus iegūt vērtīgus KMR datus, kas tiks izmantoti strukturālās bioķīmijas un medicīnas ķīmijas pētījumos.
Publicēts: 10.12.2020.