Ūdens un dažādu jonu loma prostatas skābās fosfatāzes proteīna 248-286 (PAP248-286) nepareizas salocīšanās un agregācijas procesos un PAP248-286 saistīšanās ar membrānām un zināmiem amiloīdu inhibitoriem pētījumi

Pētniecības projekta zinātniskais mērķis ir, izmantojot aprēķinu un eksperimentālās metodes, noskaidrot  peptīda PAP248-286 nepareizas salocīšanās un agregācijas mehānismus kā arī tā mijiedarbības ar HIV membrānas lipīdiem, zināmiem amiloīdu inhibitoriem un bioloģiski svarīgiem joniem mehānismus. 

Pētniecības pieteikuma Nr.
1.1.1.2/VIAA/4/20/757
Pēcdoktorants
Dr. chem. Nikhil Agrawal
Zinātniskais konsultants
Dr.chem. Emilio Parisini
Projekta ieviešanas ilgums
26 mēneši
Projekta īstenošanas vieta
Latvijas Organiskās sintēzes institūts
Kopējās projekta izmaksas
97 157,65 EUR (ERAF finansējums – 82 584,00 EUR; valsts budžeta finansējums – 9 715,76 EUR)

Paredzētie projekta īstenošanas rezultāti:

  • dalība 3 zinātniskajās konferencēs
  • 4 zinātniskie raksti (IF > 50% no nozares vidējā līmeņa)
  • 1 patenta pieteikums

Publicēts: 06.05.2021.

Pārskata periodā veiktas šādas pētnieciskās darbības:

  • esam veikuši 60 neatkarīgas visu atomu molekulārās dinamikas simulācijas, lai saprastu peptīdu nepareizas salocīšanās agrīnās stadijas. Lai gan šīs projekta daļas īstenošana joprojām turpinās, dati, kurus līdz šim esam apkopojuši, sniedz skaidru priekšstatu par to, kā notiek PAP peptīdu nepareizas salocīšanās process;
  • uzsākta literatūras izpēte par mazo peptīdu kristalizāciju.
Publicēts: 06.08.2021.

Pārskata periodā veiktas šādas pētnieciskās darbības:

  • turpināta literatūras izpēte par mazo peptīdu kristalizāciju;
  • veikta WP1 paredzēto  ģenerēto simulāciju trajektoriju progresīvā analīze;
  • pamatojoties uz WP1 simulācijas datiem, kristalizācijai tika atlasīti trīs peptīda PAP248-286  reģioni, un pārbaudīti dažādi kristalizācijas apstākļi,  daži balstīti uz jau pieejamo PAP248 kristāla struktūru.
Publicēts: 06.08.2021.

Pārskata periodā veiktas šādas pētnieciskās darbības:

  • turpināta WP1 paredzēto  ģenerēto simulāciju trajektoriju progresīvā analīze;
  • sagatavots manuskripta, ko plānots publicēt augsta līmeņa žurnālā, pirmais melnraksts;
  • turpināti  peptīda PAP248-286  reģionu dažādo kristalizācijas apstākļu pārbaude;
  • veikta kristalizācijas apstākļu uzlabošana strukturālo datu iegūšanai.
Publicēts: 04.02.2022.

Pārskata periodā veiktas šādas pētnieciskās darbības:

  • turpināts darbs pie pirmās publikācijas manuskripta;
  • uzsākts darbs pie PAP1 VNEILN PAP2 VLVNEILN PAP3 GGVLVNEILN kristalizācijas eksperimentiem;
  • veiktas 45 neatkarīgas molekulārās dinamikas simulācijas PAP248-286 peptīdu agregācijai dimēra un trimera formā. Trajektoriju analīze ir pabeigta, un tiek gatavots manuskripts.
Publicēts: 06.05.2022.

Pārskata periodā veiktas šādas pētnieciskās darbības:

  • manuskripts "Early Stages of Misfolding of PAP248-286 at two different pH values: An Insight from Molecular Dynamics Simulations" 01.06.2022. iesniegts izdevumā "Computational and Structural Biotechnology Journal";
  • turpināts darbs pie PAP1 VNEILN PAP2 VLVNEILN PAP3 GGVLVNEILN kristalizācijas eksperimentiem;
  • ir pabeigts nepieciešamās literatūras apskats un sagatavotas PAP248-286 simulācijas sistēmas ar POPC membrānas kompleksu;
  • dalība FEBS3+2022 konferencē Tallinā, Igaunijā ( 15.06.2022 - 17.06.2022.);
  • dalība  konferencē "Protein Processing, Trafficking and Secretion Gordon Research Conference", kas no   17.07.2022. līdz 22.07.2022 norisinājās Colby-Sawyer College Ņūlondonā, Ņūhempšīrā, ASV.
Publicēts: 05.08.2022.