Projekta Nr. | 1.1.1.5/21/A/002 |
|---|---|
Projekta īstenošanas vieta | Latvijas Organiskās sintēzes institūts, Aizkraukles iela 21, Rīga |
Projekta realizēšanas laiks | 01.07.2021. – 30.06.2023. |
Projekta vadītājs | Dr. Teodors Panteļejevs |
Projekta kopējās izmaksas | 140 202,24 EUR
(ERAF finansējums – 119 171,89 EUR)
|
Projekta mērķis
Izstrādāt jaunus, selektīvus N-kadherīna, VE-kadherīna un kadherīna-11 trans-dimerizācijas inhibitorus.
Galvenās projekta darbības:
- kristālogrāfiska, FBDD skrīninga platformas izveide;
- fragmentu skrīnings un validācija;
- fragmentu izstrāde;
- ar kadherīniem saistīties spējīgu ciklisku peptīdu izstrāde;
- fragmentu pieejas vadīta peptīdu izstrāde;
- šūnu adhēzijas un šūnu proliferācijas testi.
Projekts sniegs būtisku ieguldījumu molekulārajā metožu kopumā, kas pieejams šūnas–šūnas adhēzijas kontrolei, tieši ietekmējot kadherīnu trans-dimerizācijas norisi. Pētījumā iegūtie rezultāti tiks izmantoti, lai demonstrētu kadherīnu selektīvu inhibitoru nozīmību zinātnes un veselības aprūpes jomās. Kadherīnu trans-dimerizācijas modulatoru izstrāde nodrošinātu jaunus zāļu vielām līdzīgus preparātus.
Publicēts 14.07.2021.
Paveiktais laika periodā no 01.07.2021. līdz 30.09.2021.
Projekta darbības uzsāktas 01.07.2021.
- Tika veikts vairāku kadherīnu saimes proteīnu konstruktu dizains ar mutācijām, kas piemērotas strukturāliem un biofiziskiem pētījumiem.
- Iegūts sintētisks DNS, kas kodē šos kadherīnu konstruktus, un klonēts dažādos ekspresijas vektoros. Veikti ekspresijas testi ar šiem kadherīnu konstrukiem, izmēģinot dažādus vektorus, bakteriju šķirnes un ekspresijas apstākļus.
- Vienam no proteīniem tika optimizēta attīrīšanas pieeja un tas iegūts 10+ miligramu daudzumā.
- Veikts iegūtā kadherīna kristalogrāfisks skrīnings ar mērķi iegūt tā kristālus turpmākiem difrakcijas pētījumiem
Paveiktais laika periodā no 01.10.2021. līdz 31.12.2021.
- Iegūti viena kadherīnu saimes proteīna kristāli dažādos kristalizācijas apstākļos. Iegūta šī proteīna kristālu pilna difrakcijas aina SLS (Swiss Light Source) sinhrotronā, kā rezultātā aprēķināta tā struktūra.
- Uzsākta fāgu displeja bibliotēku sagatavošana.
- Optimizēta attīrīšanas pieeja vēl vienam kadherīna konstruktam.
- Ar vienu no kadherīnu proteīniem izmēģināts maza izmēra fragmentu bibliotēkas skrīnings, izmantojot kodolmagnētisko rezonansi (KMR).
Publicēts: 31.12.2021.
Paveiktais laika periodā no 01.01.2022. līdz 31.03.2022.
- Veikta attīrīšana vēl diviem kadherīnu saimes proteīniem.
- Veikts fragmentu saistības skrīnings ar vienu no kadherīniem, izmantojot differential scanning fluorimetry (DSF) metodi.
- Vairāki fragmentu hiti aizsūtīti biofizikālu testu veikšanai uz Creoptix AG (Šveice), lai noskaidrotu to saistības parametrus.
- Iegūti viena kadherīna atvērtās formas (X-dimer) kristāli. Uzsākta šo kristālu optimizācija. Vairākiem kristāliem iegūtas difrakcijas ainas sinhrotronā (SLS, Villigen, Šveice).
- Uzsākti fragmentu hitu testi, izmantojot izotermālo kalorimetriju (ITC).
- Pie projekta izpildes piesaistīts maģistrantūras students.
Publicēts: 31.03.2022.
Paveiktais laika periodā no 01.04.2022. līdz 30.06.2022.
- Apvienojot ortogonālas biofizikālas metodes, identificēti vairāki mazmolekulu fragmenti, kas saistās ar vienu no kadherīnu saimes proteīniem.
- Iegūta šī kadherīna X-dimēra augstas izškirtspējas (2.0 Å) struktūra ar atvērtu triptofāna saistības kabatu. Struktūra parāda, ka šie kristāli var tikt izmantoti mazmolekulu mērcēšanas eksperimentiem.
- Veikti kadherīna X-dimēra kristālu mērcēšanas eksperimenti ar identificētajiem fragmentiem un kristāli sasaldēti sūtīšanai uz sinhrotronu.
- Iegūta kovalenti modificētus cisteīnus saturoša fāgu displeja bibliotēka ar augstu titru. Šī bibliotēka tiks izmantota peptīdu saistības selekcijai.